突破拦截后，孙玥等人继续朝着联合舰队指挥舰前进。此时，联合舰队似乎察觉到了他们的意图，加强了对指挥舰的防御。指挥舰周围布满了密密麻麻的防御飞船，如同护卫巢穴的蚁群。

“大家小心，敌方防御加强了。我们从侧面迂回，寻找防御薄弱点。”孙玥说道。飞船队缓缓改变方向，朝着指挥舰侧面靠近。

突然，一艘星际海盗联盟的飞船从侧面杀出，朝着孙玥的飞船发动攻击。孙玥急忙躲避，同时命令队员反击。双方展开了一场近距离的激烈空战。飞船相互追逐，能量武器不断发射，光芒闪烁。

“我引开它，你们继续前进！”孙玥说完，驾驶飞船朝着远离指挥舰的方向驶去。敌方飞船紧追不舍，孙玥凭借着精湛的驾驶技术，在星际间不断穿梭。她时而突然加速，时而急速转弯，让敌方飞船难以锁定。

“现在是机会，冲！”孙玥通过通讯频道喊道。其他队员抓住时机，迅速朝着指挥舰冲去。他们突破了外层防御，成功靠近指挥舰。

“准备干扰设备，按计划行动！”队员们迅速操作飞船，释放出小型干扰器。干扰器如同一颗颗流星，朝着指挥舰飞去。干扰器接触到指挥舰的瞬间，释放出强大的电磁脉冲，干扰了指挥舰的指挥系统。

联合舰队的指挥系统瞬间陷入混乱，原本有序的攻击和防御变得杂乱无章。各艘战舰之间的通讯中断，指挥信号无法传达。联合舰队如同失去了大脑的巨兽，在星际间茫然无措。

“就是现在，发动全面反攻！”孙玥迅速返回战场，下达命令。灵能科研院和曙光救助会的部队抓住时机，发动了全面反攻。能量武器再次轰鸣，朝着混乱的联合舰队倾泻火力。

战场上，孙玥一方的飞船如猛虎下山，冲向联合舰队。一艘艘敌舰被击中，爆炸的火光在宇宙中接连绽放。联合舰队在混乱中节节败退，局势开始朝着有利的方向发展。

然而，联合舰队毕竟实力强大，虽然指挥系统暂时混乱，但仍有不少战舰凭借着自身的防御和火力进行抵抗。孙玥看着仍在顽强抵抗的联合舰队，心中明白，这场战斗还远未结束。联合舰队虽陷入混乱，但仍有强大的战斗力，自己能否趁胜追击，彻底击败联合势力，同时又该如何应对联邦可能的后续动作？这一系列问题摆在了她的面前。

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