最终，王敦于次年诬陷周嵩与侄儿—周莚与当时一名施行法术的道士李脱图谋不轨，将他们收捕处死。

另外，王敦又派参军—贺鸾与在吴国的沈充一同尽杀周札的家人，又进兵会稽，周札在对战中遇害。

王敦又杀害冉曾、公乘雄等数名晋元帝的腹心。

王敦的病情越来越严重，于是矫诏让王应任武卫将军，作为自己副手。

又任命王含为骠骑将军，开府仪同三司。

钱凤有一次问王敦一旦他身故，是否应一致拥戴王应，将所有事交给他。

王敦说今天做的不是非常的事，不是常人可以担当，而王应年少，不能担当大事。

说他死了以后，上计是解兵回归朝廷；

中计则是退守武昌，拥兵自守；

下计则是谋反动乱，颠覆朝廷。

钱凤却认为，下计才是最好的计谋，与沈充决定在王敦死后发动叛乱。

之后，丹阳尹出缺，王敦表温峤为丹阳尹，意图借此监视朝廷动静。

但温峤却向司马绍报告王敦的图谋，更与庾亮一同策划讨伐王敦的计划，令王敦大怒。

司马绍知道王敦病重的消息后，一方面派人去问候王敦，另一方面却微服到芜湖观察王敦的营垒，又向大臣询问王敦的起居。

后问光禄勋应詹应否讨伐，应詹劝他讨伐，于是决定了进攻。

加司徒王导为大都督，领扬州刺史；

以温峤和卞敦守石头城，应詹守朱雀桥，郗鉴都督从驾诸军事。

另亦召命临淮太守—苏峻、兖州刺史—刘遐、徐州刺史—王邃、豫州刺史—祖约、广陵太守—陶瞻一同入建康保卫建康并助讨王敦。