但他率军走到钱塘时，情况却发生了变化。

原来，陈瑀想要乘机夺取孙策的地盘。

他派人秘密渡江，拿着三十多个印信给丹杨、宣城、泾县、陵阳、始安、黟县、歙县等地的大帅祖郎、焦已及吴郡乌程严白虎等，让他们作内应，等孙策的部队一开拔，马上攻取他的郡县。

孙策发现这一阴谋，不禁大怒，派吕范、徐逸统兵直扑海西，大破陈瑀，俘获他的将士、妻儿等共四千多人。

陈瑀往北逃奔袁绍。

建安三年（198年），孙策派徐琨赶走袁术所派的丹阳太守袁胤，平定宣城以东各地。

之后，孙策迎接刚从袁术处回来的吴景担任丹阳太守，并亲自进攻丹阳泾县以西。

他先进击陵阳，擒获祖郎；又进击勇里，擒获自封丹阳太守的太史慈。

孙策平定丹阳回师吴郡后，拜太史慈为折冲中郎将，授祖郎为门下贼曹。

这时，袁术之前任命的周瑜为居巢长，鲁肃为东郡长。

但二人都知道袁术难成大器，在孙策平定丹阳时，相继弃官渡江来投奔孙策。

孙策亲往迎接周瑜，拜建威中郎将，当即给周瑜增兵二千人，马五十匹。

又给周瑜鼓吹等军用乐队，兴建府院住处，所赠赐的东西在军中无人能比。

也是从这一年开始，周瑜一直跟随孙策征战，并与周星月聚少离多。

同年，孙策又向汉廷贡献礼物，规模是建安元年的两倍。

汉廷任命他为讨逆将军，封为吴侯。

建安四年（199年），孙策正准备与曹操、董承、刘璋并力讨伐刘表和强弩之末的袁术。